Ein exaktes Gründungsdatum ist weder für die Stadt Kitzingen noch für ihr Archiv bekannt. Jedoch kann spätestens mit dem Bestehen eines Stadtrats im 14. Jahrhundert und dem damit verbundenen Recht auf gewisse Selbstverwaltung auch ein eigenes Archiv vermutet werden, wenngleich es erst viel später ausdrücklich erwähnt wird.

Im Ratsprotokoll vom 27. Oktober 1613 ist erstmals von einem Archiv die Rede. Der Magistrat bestimmt unter diesem Datum einmütig, dass die abgeschriebenen Geburtsbriefe und Abschiede, die bei den Gesuchen um das Bürgerrecht vorzulegen sind, „bey gemeiner Statt archive unnd registraturen uff behalten“ werden müssen. Zu diesem Zweck sollten ein eigenes "behaltungs" und ein Register mit Index angefertigt werden. Das Archiv war in der Kanzlei im Marktturmbogen zwischen Rathaus und Marktturm untergebracht. Dieses Bauwerk ist 1821 zur Verschönerung des Stadtbildes abgebrochen worden. Daraufhin verteilte man die Archivalien auf verschiedene Räume, einige fanden sogar im Dachboden eine mehr als fragwürdige Unterkunft.

Zur damaligen Zeit wurden vor allem Urkunden, Amtsbücher, Druckschriften, Mandate und verschiedene Rechnungen im Archiv gesammelt, anderes Schriftgut galt als nicht unbedingt  erhaltungswürdig. Dieser Zustand änderte sich erst unter dem langjährigen Stadtschreiber und Ratsmitglied Paul Rücklein (1584-1654), der als erster Archivar Kitzingens namentlich bekannt ist. Rückleins Weitblick und Ordnungsliebe nämlich verdankt die Mainstadt ihren reichen Bestand an Archivalien. Rücklein hat nicht nur alle auffindbaren Schriftstücke zusammengetragen und geordnet, sondern er hat 1626 - im Zeichen des drohenden Rückfalls an das Hochstift Würzburg - das erste Generalrepertorium sämtlicher Urkunden, Amtsbücher und Akten der Stadt Kitzingen angefertigt.

Zum Zeitpunkt der Eingliederung der Stadt Kitzingen in den bayerischen Staat im Jahr 1814 besaß das Archiv noch einen reichen Schatz wertvoller Archivalien, besonders aus dem im Jahr 1802 aufgelösten Ursulinerinnenkloster. Jedoch wurde - der damals vorherrschenden zentralistischen Staatsauffassung entsprechend - die Überführung älterer und wertvoller Dokumente zuerst an das Staatsarchiv Würzburg und von dort an das Allgemeine Reichsarchiv in München angeordnet. 1829 verfügte man darüber hinaus die Abgabe aller Urkunden bis zum Jahr 1400 nach München. Was dann noch im Besitz der Stadt verblieb, wurde in einem wenig pfleglichen Zustand in zwei Dachbodenkammern des Rathauses aufbewahrt.

Mehrmals wies das Landgericht Kitzingen die Stadtverwaltung auf diesen Missstand hin. Entscheidendes änderte sich jedoch nicht. Erst Dr. Anton Reuß, Sohn des damaligen Kitzinger Amtsarztes Dr. Peter Reuß, Privatdozent und Bibliothekar an der Universität Würzburg, führte 1838 aus eigener Initiative und unentgeltlich die Sichtung und Ordnung der wertvollen Archivalien durch. Dabei fertigte er nach bestimmten Gesichtspunkten geordnete Sammelmappen an und versah diese mit Signaturen.

Seine Geburtsstadt Kitzingen verlieh Dr. Reuß 1840 die Ehrenbürgerwürde in Anerkennung „für die aus freiem Antriebe und Vorliebe und Patriotismus für seine Vaterstadt unternommene mühevolle Durchsuchung der städtischen Archivalien und alten Akten und der damit verbundenen Rettung schöner historisch wertvoller Schriften, Briefe und Urkunden aus früheren Jahrhunderten vom Verderben und der Vergessenheit durch chronologische Ordnung dieser Urkunden und durch Bekanntmachung der Interessantesten in den Jahresberichten des Historischen Vereins". Der neue Ehrenbürger Reuß, zugleich auch Vorsitzender des Historischen Vereins von Unterfranken und Aschaffenburg, hat sich dadurch "bleibende Verdienste in Kitzingen" erworben.

Leider verlor das Archiv bei diesen Inventarisierungsarbeiten auch etliche wertvolle Originale, die von Dr. Reuß an die Universitäts-Bibliothek Würzburg (Pfarr- und Stadtgeschichte), an die beiden Pfarrämter (Kirchenbücher, Briefwechsel mit Reformatoren) und an die Königlich-Privilegierte Schützengesellschaft (Schützenbriefe) übergeben wurden. Ausgesonderte und für wertlos erachtete Archivalien, die als "Archivmakulatur" galten, wurden 1843 auf Veranlassung von Dr. Reuß im Rahmen einer Versteigerung zum Verkauf angeboten oder vernichtet. Dabei handelte es sich vornehmlich um Rechnungen, Belege und Verwaltungsakten, aber auch um auf Pergament geschriebene Urkunden.

Das entscheidende Jahr für die Einrichtung eines städtischen Archivs ist 1858. Anlass dazu war ein bereits zwei Jahre zurückliegender kritischer Visitationsbericht der königlichen Regierung, in welchem mit Verwunderung festgestellt wurde, dass "eine nicht unbedeutende Masse älterer archivarischer Dokumente sich im Besitz der Stadtgemeinde befindet, welche ohne Ordnung, ohne Sichtung des Wertvollen vom Wertlosen und ohne Verzeichnung aufbewahrt seien", weshalb die Beseitigung dieses untragbaren Zustands angeordnet worden sei. Moniert wurde zudem, dass der Aufbewahrungsort der Archivalien nach wie vor ungenügend sei und dass die Registratur nicht der vorgeschriebenen Ordnung entsprechen würde.

Nach einer weiteren Beanstandung zeigten sich Magistrat und Gemeindekollegium Anfang des Jahres 1858 endlich einsichtig und konstatierten, dass "die Abstellung dieses Mißstandes nur durch die Aufstellung eines im Registratur- und Archivwesens vollständig bewanderten Individuums geschehen könne". Die Anstellung eines "Funktionärs mit dem Funktionsbezug von täglich einem Gulden" wurde in die Wege geleitet. Mit Genehmigung des Landgerichts erhielt diese Stelle der geprüfte Rechtspraktikant Andreas Schmiedel aus Bayreuth, der von 1859 bis 1881 Bürgermeister der Stadt Kitzingen war. Auf Schmiedel ist vor allem die Ordnung der Registratur des Stadtarchivs sowie die Anlegung eines Findbuchs zurückzuführen.

Ein ebenfalls angefertigtes Urkundenbuch des Stadtarchivs verzeichnet 600 Urkunden aus der Zeit von 1400 bis 1800. Die älteste Urkunde reicht ins 14. Jahrhundert zurück. Es ist das Testament des Kitzinger Bürgers Wolfelinus Teufel, das vor dem Kitzinger Stadtrichter im Jahr 1352 aufgesetzt wurde. Es ist derselbe Wolfelin, der acht Jahre zuvor zusammen mit seinem Bruder Rüdiger und dem Nürnberger Schultheißen Konrad Groß das Spital in Kitzingen gestiftet hat.

Nach Ende des Ersten Weltkrieges regte das "Allgemeine Reichsarchiv" in München im Jahr 1919 an, die städtischen Urkunden, Amtsbücher und Akten in einem größeren Raum aufzubewahren. Bemängelt wurde vor allem, dass sich die Archivalien immer noch auf mehrere Zimmer und verschiedene Stockwerke im Rathaus verteilen würden. Darüber hinaus gab auch der unzumutbare Zustand des Archivs selbst Anlass zu drastischer Kritik: "Auf den oberen Bodenräumen, in der Registratur selbst hinter Regalen versteckt, liegen außer sonstigem Krempel Berge von zum Teil recht wichtigen Aktenprodukten umher. Desgleichen befinden sich Stöße solcher Aktenstücke in den einzelnen Referaten. Auf den Gängen, in jeder Ecke - kurzum wo man hinsieht, macht sich diese Unordnung bemerkbar."

Im Februar 1920 besuchte ein Assessor vom Reichsarchivamt in München das Stadtarchiv und war laut Bericht des 3. Bürgermeisters Brand, den dieser am 6. März vor dem Stadtrat hielt, „ganz erschrocken gewesen, als er die Räumlichkeiten betreten habe, in denen angeblich das Archiv, das sehr wertvolle Sachen enthalte, aufbewahrt sein soll. Mit Rumpelkammern seine diese Räume leicht zu vergleichen.“ Hier müsse unbedingt rascheste Abhilfe geschaffen werden, so der Referent weiter. „Wenn ein Brand ausbreche, seien diese wertvollen Akten unrettbar verloren.“ Bürgermeister Brand beantragte am Ende seiner Ausführungen, das „Stadtarchiv zu sammeln und in einem hierfür geeigneten Raum unterzubringen“. Das Erdgeschoss des protestantischen Schulhauses sei für Archivzwecke sehr gut geeignet. Nach heftiger und kontroverser Debatte entschied der Stadtrat, diesbezüglich mit der protestantischen Kirchenverwaltung zu verhandeln sowie das Bauamt zu beauftragen, Planentwürfe zu erstellen.

Der Stadtrat beschloss im Juni 1920 den Umzug des Archivs in das ehemalige Salzmagazin im Nordwestflügel des protestantischen Schulhauses und früheren Klosters. Zur provisorischen Instandsetzung der Räume dieses Magazins, die trocken, luftig, ausreichend hell und vor allem feuersicher sein mussten, genehmigte der Stadtrat einen Kredit von 4500 Mark. Im März 1921 galt der Umzug des Archivs in sein neues Heim als abgeschlossen. Stadtprediger Lampert übernahm die Leitung, plädierte jedoch vor dem Stadtrat dafür, angesichts der äußerst großen „Unordnung“ einen Archivassessor mit der „erstmaligen Instandsetzung“ zu beauftragen, was einstimmig genehmigt wurde.

Im Oktober des Jahres 1925 erfolgte ein teilweiser Umbau des Archivs, so dass der Archivar endlich einen kleinen Arbeitsraum erhielt, der von einem Ofen beheizt wurde. Hintergrund dieser Maßnahme war eine Weisung des Kultusministeriums aus München, wonach die zu diesem Zeitpunkt noch unzugänglichen Archive erschlossen und zur Förderung der heimatlichen Geschichte der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden sollten.

Beim Luftangriff auf Kitzingen am 23. Februar 1945 blieb das Stadtarchiv wie durch ein Wunder vollständig erhalten. Lediglich die Wand- und Deckenbekleidung war abgefallen und hatte alle Bücher und Regale bedeckt. Da jedoch das elektrische Licht lange Zeit nicht funktionierte, gestaltete sich die Säuberung und Sichtung sehr zeitraubend, konnte jedoch bis Ende des Jahres 1945 durchgeführt werden.

Im Jahr 1965 zog das Archiv zusammen mit dem Städtischen Museum in den ehemaligen Kastenhof in der Landwehrstraße 23 um. Obwohl dies ursprünglich nur als provisorische Lösung gedacht war, änderte sich an der unzulänglichen räumlichen Situation Jahrzehnte nichts.

Erst am 17. Oktober 2002 fasste der Stadtrat den Grundsatzbeschluss über Sanierung und Umbau des Stadtarchivs und Städtischen Museums in der Landwehrstraße 23. Die Umbaukosten lagen bei 2,88 Millionen, 44% davon wurden durch Fördermittel gedeckt. Nach erfolgtem Umzug in das „Interimsarchiv“ in den zweiten Stock des Evangelischen Dekanats am Gustav-Adolf-Platz 6 konnte am 25. August 2003 der Dienstbetrieb wieder in vollem Umfang aufgenommen werden. Die Rückkehr des Archivs in den Kastenhof erfolgte nach knapp dreijähriger Bauzeit. Der Wiedereinzug begann am 3. Juli 2006 und war bereits nach zwei Wochen abgeschlossen.

Erstmals sind nun alle Bestände des Stadtarchivs sowie der bisher im Sickershäuser Rathaus ausgelagerten Gemeindearchive der Stadtteile Sickershausen und Repperndorf in einem Gebäude zentral und unter besten konservatorischen Bedingungen untergebracht. Die Archivalien verteilen sich auf insgesamt drei fahrbare Rollregale im Erdgeschoss und ersten Stock. Die Nutzlast der gesamten Rollregalanlage liegt bei knapp 22.000 Kilogramm!

In einem separaten Lesesaal können die Besucher selbstständige Recherchen in der Bibliothek durchführen oder am Computerarbeitsplatz in der historischen Text- und Fotodatenbank nach bestimmten Ereignissen aus der Geschichte Kitzingens suchen. Hier werden auch die Archivalien zur Einsicht vorgelegt.

Die Modernisierung der Archivräume hat in kürzester Zeit deutlich positive Veränderungen gezeigt. Die früher zu beobachtende "Schwellenangst" vor einer vermeintlich vergeistigten oder gar verstaubten und altmodischen Institution schwindet stetig. Die Altersgrenze der Archivbesucher verschiebt sich nach unten und immer häufiger suchen Jüngere oder Schulklassen das Archiv zu Forschungs- und Unterrichtszwecken auf.

Das Stadtarchiv ist bekannt und beliebt bei Groß und Klein, was auch die steigenden Besucherzahlen dokumentieren. Es ist die für jeden zugängliche Sammelstelle der geschichtlichen Überlieferung Kitzingens und seiner Stadtteile Repperndorf, Sickershausen, Hohenfeld und Hoheim. Das lebendige Gedächtnis der Stadt!