Des weiteren befinden sich im Stadtarchiv zahlreiche Amtsbücher, Bände und Protokollbücher, deren Überlieferung in einigen Fällen bereits im 15. Jahrhundert beginnt. In diesem Zusammenhang müssen in erster Linie die fast lückenlos seit dem Bauernkrieg 1525 vorhandenen Ratsprotokolle erwähnt werden sowie die zahlreichen Markungsbücher, Urbare, Gerichts- und Urteilsbücher, Kauf- und Kontraktenbücher, Einwohnerbücher (Geburtsbriefe, Heiratsverträge, Einkindschaftsverträge, Vormundschaftsbücher), Registrierbücher, Meisterbücher verschiedener Handwerke, Vierer- und Zehneramtsbücher, Schatzungs- und Steuerbücher, Landesherrliche Mandate, Gesetz- und Verordnungssammlungen, Tax-, Umlagen- und Gebührenregister, Kassenbücher, Kataster, Protokolle des Armenpflegschaftsrates, verschiedene Vereinsprotokollbücher und Inventarverzeichnisse.

Auch die Archivalien der eingemeindeten neuen Stadtteile Hohenfeld, Sickershausen, Repperndorf und Hoheim (ca. 50 Regalmeter), die verschiedenen Rechnungen und Belegbände der Stadt Kitzingen und ihrer diversen Stiftungen und Kassen sowie die Bestände des Spitals Kitzingen, deren Überlieferung bereits im 15. Jahrhundert beginnt, gehören zu den umfangreichen Beständen des Stadtarchivs Kitzingen. Eine interessante Sammlung alter Plakate, historischer Fotos, verschiedener Baupläne sowie Gesetz- und Verordnungsblättern und nicht zuletzt auch der "Kitzinger Zeitung" (seit 1870) rundet die umfangreichen Bestände des Stadtarchivs Kitzingen ab.